Das Kunsthaus Zug verfügt über mehrere thematische Sammlungsgebiete, die von der Klassischen Moderne bis zur Gegenwartskunst reichen und ebenfalls die Kunst der Region einbeziehen. Es beheimatet die bedeutendste Kollektion der Wiener Moderne ausserhalb Österreichs in Europa, u.a. mit Werken von Klimt, Gerstl, Hoffmann, Kokoschka, Schiele, Wotruba. Die vielfältige Sammlung ist aus Platzgründen nicht permanent zu sehen und wird in thematischen Wechselausstellungen präsentiert. Vier bis fünf Projekte im Jahr widmen sich der Kunst der Gegenwart und des 20. Jahrhunderts mit gezieltem Einbezug des öffentlichen Raums. Mit «Projekt Sammlung» wurde ein wohl einmaliges Sammlungsmodell zeitgenössischer Kunst entwickelt, welches das Museum zum «Labor» macht. Seit 2002 ist «Kunsthaus Zug mobil» unterwegs, ein transportabler Ausstellungsraum in Form eines Spezialcontainers für ortsspezifische Projekte. Das Kunsthaus Zug setzt sich zudem für «Kultur inklusiv» ein.
Ausgewählte Positionen der Sammlung sowie historische japanische Werke zeigen das spannende Spektrum jenseits von Japonismus.